Przyczyny żółknięcia liści zbóż są różnorodne. Najczęściej powodowane są niedoborem składników pokarmowych, bądź niekorzystnymi właściwościami gleby, ograniczającymi rozwój korzeni. Następstwem jest gorsze zaopatrzenie roślin w wodę i składniki pokarmowe.
Powodem żółknięcia (chlorozy) może też być przyorana grubsza warstwa słomy, utrudniająca przepływ i podsiąk wody oraz rozwój korzeni. Poza tym powstające podczas jej rozkładu związki fenolowe, oddziałujące toksycznie na młode siewki i rośliny zbóż.
Przyczyną żółknięcia jest często monokultura zbóż
Jednak główną przyczyną żółknięcia jest zazwyczaj częsta uprawa zbóż po sobie (monokultura), co skutkuje porażeniem (zwłaszcza pszenicy i jęczmienia) przez zgorzel siewek i choroby podstawy źdźbła i korzeni, tzw. podsuszkowe.
Można temu w pewnym stopniu przeciwdziałać, nie tylko przez wprowadzenie do zmianowania roślin z innych rodzin botanicznych, ale także przemienne następstwo zbóż ozimych i jarych, przedzielone uprawą międzyplonów: gorczycy, rzodkwi, facelii, gryki, strączkowych.
Jęczmień (rzadziej pszenica i pszenżyto) mogą być też porażane przez wirusa żółtej karłowatości jęczmienia, przenoszonego jesienią i/lub wiosną przez mszyce. Patogeny tej choroby uszkadzają także system korzeniowy, co utrudnia pobieranie wody i składników pokarmowych.
Przyczyną żółknięcia bywa także zbyt głęboki, a zwłaszcza gęsty siew, co powoduje konkurencję roślin o wodę, światło i składniki pokarmowe.
Przyczyną żółknięcia są też niedobory składników pokarmowych
Główną przyczyną żółknięcia liści zbóż, mogą też być zbyt kwaśne, rzadziej alkaliczne gleby. W glebach kwaśnych występuje zwykle niedobór przyswajalnych form P, K, Mg, S, Mo i B, zaś nadmiar Al., Mn i Fe. Z kolei w alkalicznych niedobór: P, Mg, Mn i Fe, niekiedy także Cu i Zn.
Przyczyny niedoboru poszczególnych składników w roślinach (mimo ich wnoszenia do gleby) i związanego z tym żółknięcia starszych (dotyczy N, K i Mg) lub młodszych liści (Ca, S, Cu, Zn, Mn i Fe) można tłumaczyć następująco:
- niedobór N może wynikać z nadmiaru opadów (łatwe wypłukiwanie, zwłaszcza azotanów); przyorania dużych ilości słomy, jeśli nie wniesiono odpowiedniej dawki N lub Ca dla jej prawidłowej mineralizacji; niskiej zawartości materii organicznej w glebie, spowodowanej rzadkim stosowaniem nawozów naturalnych i organicznych,
- niedobór P wynika często z niewłaściwego pH gleby (optymalne w zakresie 5,6-6,8) lub niskich temperatur (poniżej 12 st. C). Typowy symptom niedoboru to fioletowo-różowe przebarwienia dolnej części łodyg i liści. Poza tym są one mniejsze, wąskie (wydłużone), osadzone pod ostrym kątem (strzeliste).
- niedobór K może być powodowany niskim pH gleby, ale też nadmiarem Ca, sporadycznie Mg (efekt antagonizmu); łatwym wymywaniem z gleb lekkich oraz gorszą dostępnością ze zwięzłych (ilastych i gliniastych),
- niedobór Mg występuje zwykle przy nadmiarze potasu lub wapnia w glebie (wynik antagonizmu), także w glebach lekkich i kwaśnych (łatwe wymywanie) oraz przy niskich temperaturach i dużych opadach,
- niedobór Ca i związane z tym niskie pH gleby, aktywizuje wolne związki glinu w glebie, który ogranicza rozwój korzeni, zwłaszcza najmłodszych (włośnikowych). Najbardziej wrażliwy na niedobór Ca i niskie pH jest jęczmień i pszenica, zaś najmniej żyto i owies.
- niedobór S występuje zwykle na lekkich, przepuszczalnych i kwaśnych glebach, z których jest łatwo wymywana, poza tym ubogich w materię organiczną (główne źródło zasilania). Więcej S i Mg znajduje się zwykle w głębszej warstwie gleby, skąd mogą je pobierać rośliny lepiej ukorzenione,
- niedobór Cu występuje zwykle w glebach z wysoką zawartością materii organicznej, gdzie jest z nią silnie związana i niedostępna dla roślin, poza tym na glebach alkalicznych (pH powyżej 7,2) oraz kwaśnych (pH poniżej 5),
- niedobór Zn występuje zwykle w glebach obojętnych, a zwłaszcza alkalicznych, poza tym kwaśnych (pH poniżej 4,5) oraz z wysoką zawartością P,
- niedobór Mn występuje zwykle w glebach o wysokim pH (powyżej 6,5) i maleje wraz ze spadkiem tego wskaźnika. W glebach kwaśnych, zlewnych, zaskorupionych, zalanych wodą – Mn występuje w formie łatwo przyswajalnej i może być pobierany w dużych, niekiedy nadmiernych ilościach. Przykładem jest lepszy wygląd roślin w śladach kół, gdzie gleba w wyniku ugniecenia jest mniej napowietrzona i bardziej uwilgotniona,
- niedobór Fe w zbożach praktycznie nie występuje, a jeśli tak to głównie na glebach o wysokim pH (powyżej 7), a więc rędzinach lub glebach świeżo zwapnowanych dużymi dawkami Ca . Niedobór objawia się chlorozą (żółknięciem) najmłodszych liści.