Rzepak jest rośliną szczególnie wrażliwą na termin zbioru, stąd też niewskazane jest jego przyspieszanie. Jednakże niekiedy jest to dość trudne zadanie ze względu na nierównomierność dojrzewania nasion.
Przyczyną tego jest między innymi mozaikowatość gleb, odnawianie plantacji przy dużych opadach deszczu mających miejsce podczas dojrzewania roślin oraz występowanie wtórnego zachwaszczenia, zwłaszcza w łanach, które uległy wyleganiu. Często łuszczyny górne, ze względu na swoje usytuowanie są już dojrzałe, podczas gdy dolne są jeszcze zielone. Zbiór takiego rzepaku może prowadzić do zmniejszenia uzyskanego plonu w efekcie występowania niedojrzałych łuszczyn oraz przekroczenia wilgotności nasion powyżej 9%. Zbyt duża wilgotność nasion, które łatwo ulegają przyklejeniu do łodyg i wypadają z kombajnu utrudnia zbiór. Dodatkowo takie nasiona charakteryzują się niższą zawartością tłuszczu i większą zawartością chlorofilu, co znacznie obniża ich jakość. Zbiór nasion rzepaku o różnym stopniu dojrzałości może prowadzić również do ich samozagrzewania i pleśnienia.
Zbytnie opóźnianie terminu zbioru prowadzi do samoosypywania się nasion, co przekłada się na redukcje uzyskanego plonu. Może również dojść do ponownego zawilgocenia rzepaku, co prowadzi do pękania łuszczyn. Straty plonu zależą również od warunków pogodowych, odmiany oraz nasilenia chorób i szkodników. Zbiór nasion rzepaku może być dwuetapowy w fazie dojrzałości technicznej lub jednoetapowy – w fazie dojrzałości pełnej nasion.
Metoda dwufazowa zbioru rzepaku jest stosowana rzadko ze względu na nieco wyższe koszty, jednak jest ona polecana w przypadku łanu wyraźnie zróżnicowanego pod względem dojrzałości. Zbiór ten jest wykonywany gdy wilgotność nasion waha się na poziomie 40 – 45%, a łan przyjmuje kolor seledynowo-żółty. Straty wynikające ze zbioru dwuetapowego są na poziomie około 9%. W przypadku zbioru jednofazowego wilgotność nasion wynosi około 16 – 20%, zaś łan posiada kolor brunatno-czarny. Straty są najczęściej tym większe, im więcej zabiegów przeprowadza się w czasie zbioru. Znaczne straty plonu mogą również wynikać ze zbyt długiego dosychania roślin przed zbiorem jednoetapowym. Zbiór jednoetapowy może być bardziej ryzykowny niż dwuetapowy w przypadku silnych wiatrów czy ulewnych deszczy bądź gradu, które mogą powodować straty na skutek skłonności dojrzałych łuszczyn do pękania i osypywania nasion.
Przy określaniu metody zbioru rzepaku należy uwzględnić miedzy innymi stopień równomierności dojrzewania nasion oraz poziom zachwaszczenia. W warunkach Polski najczęściej wykonywany jest zbiór jednoetapowy bez wykonywania dodatkowych zabiegów chemicznych, względnie po zastosowaniu środków, które powodują wcześniejsze dojrzewanie czy też dosychanie roślin. Preparaty przyspieszające dojrzewanie roślin należy stosować już na początku dojrzałości technicznej, z kolei desykanty – nie wcześniej niż na początku dojrzałości pełnej. Zbiór taki należy wykonać gdy w łuszczynach nie ma już nasion zielonych, a 90% z nich zbrunatniało. Pozostałe 10% nasion to nasiona brunatniejące po bokach. Zebrane nasiona muszą być dosuszone.
Jakość nasion zależy od zawartości wody, jak również od zanieczyszczeń, w tym między innymi nasion, które zostały rozbite podczas omłotu lub też przypalone podczas suszenia. W przypadku skupowania nasion rzepaku ważną rolę odgrywa wilgotność normatywna, która jest na poziomie 13% i wilgotność technologiczna na poziomie 6 – 7%. Z kolei normatywna zawartość zanieczyszczeń najczęściej ustalana jest na poziomie 4%. Przy ocenie parametrów jakościowych nasion rzepaku należy również brać pod uwagę zawartość substancji antyżywieniowych, takich jak glukozynolany i kwas erukowy.
