Nie zaleca się stosowania superfosfatów na glebach bardzo kwaśnych oraz alkalicznych, względnie świeżo zwapnowanych. Niewskazana jest szczególnie aplikacja superfosfatów w formie pylistej.
Superfosfaty to nawozy rozpuszczalne w wodzie, których przemiany w glebie zależą przede wszystkim od jej odczynu, a także od aktywności biologicznej. W środowisku alkalicznym, jak również na glebach świeżo zwapnowanych, w obecności jonów wapnia główny składnik superfosfatów przechodzi w związki trudno rozpuszczalne, niedostępne dla roślin.
Podobnie w środowisku kwaśnym i bardzo kwaśnym dochodzi do uwstecznienia fosforu zawartego w superfosfatach. W tym wypadku w obecności jonów glinu, względnie żelaza tworzą się nierozpuszczalne fosforany. Przechodzenie fosforanów w związki trudno rozpuszczalne z jednej strony ogranicza ich wymycie w głębsze warstwy gleby, z drugiej zaś w znacznym stopniu obniża ich pobieranie przez rośliny.
Procesy te są częściowo odwracalne, bowiem rozpuszczalność połączeń fosforu z wapniem wzrasta wraz z zakwaszeniem gleby, zaś fosforanów glinu i żelaza wraz z jego alkalizacją. Przyjmuje się, że istnieje większe prawdopodobieństwo wykorzystania przez rośliny fosforu z fosforanu wapnia niż z fosforanu glinu czy żelaza.
Przechodzenie fosforu zawartego w superfosfatach w związki trudno dostępne zależy od odczynu gleby i formy nawozu. Najmniejsze uwstecznienie fosforu występującego w superfosfatach ma miejsce na glebach o odczynie lekko kwaśnym do obojętnego.
Stąd też nie zaleca się stosowania superfosfatów na glebach bardzo kwaśnych oraz alkalicznych, względnie świeżo zwapnowanych. Niewskazana jest szczególnie aplikacja superfosfatów w formie pylistej, które to ulegają uwstecznieniu w największym stopniu. Mniejszą podatność na uwstecznienie wykazują superfosfaty granulowane, bowiem w efekcie granulacji dochodzi do zmniejszenia kontaktu nawozu z cząsteczkami gleby. W tym wypadku uwstecznieniu ulega fosfor obecny w zewnętrznej części granulki, zaś pozostała część jest nadal dostępna dla roślin.
Dodatkowo nawozy granulowane ze względu na lepsze właściwości fizyczne charakteryzują się lepszym wysiewem. Uwstecznienie fosforu zależy również od techniki stosowania nawozów. Największe uwstecznienie ma miejsce przy siewie rzutowym, zaś mniejsze przy rzędowym.
Przechodzenie fosforu w związki nieprzyswajalne dla roślin stanowi zasadniczą wadę superfosfatów, bowiem w efekcie tego wykorzystanie fosforu przez rośliny w pierwszym roku wynosi zaledwie 15 – 20%. Jednakże z drugiej strony umożliwia to stosowanie nawozów fosforowych w większych dawkach.