Zboża jare mogą być atakowane przez te same grzyby chorobotwórcze, które porażają także zboża ozime. Dodatkowym czynnikiem mogącym obniżyć plony jest susza, na którą rolnik nie ma wpływu. Natomiast może wpłynąć na poziom plonowania poprzez zabezpieczenie nasion przed atakiem grzybów chorobotwórczych.
Do siewu często używa się niekwalifikowanego materiału siewnego, o słabej zdolności kiełkowania i zanieczyszczonego przez grzybnie i zarodniki grzybów chorobotwórczych. Zaprawianie materiału siewnego gwarantuje ochronę zbóż przed porażeniem przez patogeny umiejscowione w ziarnie siewnym i w glebie, już w najwcześniejszej fazie wzrostu, kiedy rośliny kiełkują i wytwarzają delikatne korzenie zarodkowe.
W przypadku, gdy ziarniak nie jest chroniony zaprawą, grzyb chorobotwóczy rozmnaża się na organach młodych roślin, niszcząc liście, pochwy liściowe i korzenie. Jest to często przyczyną występowania zgorzeli siewek, co z kolei powoduje zmniejszenie obsady roślin na m2.
Siewki zbóż po zastosowaniu zapraw charakteryzują się dłuższym systemem korzeniowym, większą masą, bardziej intensywnym zielonym zabarwieniem. Dzięki temu łatwiej sobie radzą w niekorzystnych warunkach. Efekt ochrony zapraw powoduje, że roślina może kiełkować i rozwijać się w sposób niezakłócony.
Na roślinach wyrastających z niezaprawionego ziarna grzyby rozwijają się wewnątrz tkanek (głownia pyląca, śnieć cuchnąca) i pozostają długo nie zauważone. Objawy choroby pojawiają się dopiero w okresie kłoszenia, wtedy niestety już jest za późno. Wówczas zarodniki grzyba roznoszone są przez wiatr i docierają do otwartych kłosków, zarażając zarodki tworzonego ziarniaka. Podczas zbiorów nie można zaobserwować zmian, a zarodniki – te w ziarniaku mogą przetrwać aż do następnych wschodów, kiedy ponownie zarażają roślinę. Żaden fungicyd zastosowany do opryskiwania zbóż w okresie wegetacji nie zahamuje rozwoju i nie zwalczy grzybów, które przenoszą się wraz z ziarnem siewnym i tych, które zasiedlają glebę i porażają młode organy wschodzących roślin.
Przy intensywnej uprawie zbóż opłaca się stosować zaprawy, które ograniczają także choroby występujące na liściach, które zwalczane są za pomocą opryskiwania takie jak mączniak, rdze septorioza. Zdarza się, że po zastosowaniu takiej zaprawy można zrezygnować z oprysku, zwłaszcza gdy wysiewa się odmianę o zwiększonej odporności na porażenie przez grzyby. Obecność grzybów wpływa pośrednio i bezpośrednio na jakość plonu, a tym samym na mniejszą atrakcyjność handlową uzyskanego ziarna.
Istnieje kilka dróg zarażenia młodych roślin grzybami chorobotwórczymi. Na powierzchni ziarniaków przenosi się śnieć cuchnąca pszenicy, zgorzel siewek. Warto też pamiętać, że źródłem tych chorób może być też gleba.
Z kolei wewnątrz ziarna lub pod okrywą owocowo-nasienną występuje pasiastość liści jęczmienia, plamistość siatkowa liści, głownia zwarta jęczmienia, głownia pyląca pszenicy, głownia zwarta owsa i głownia pyląca owsa. Właściwie zastosowana zaprawa może zapobiec infekcji przez grzyby znajdujące się na powierzchni ziarna, pod jego okrywą owocowo-nasienna lub wewnątrz, np. w okolicy zarodka. Niektórzy producenci zbóż zaprawianie nasion stosują jako jedyny zabieg ograniczający choroby zbóż jarych. Jest to uzasadnione np. w uprawie owsa zarówno oplewionego jak i nagiego.
