W kontekście zagadnienia kosztów postępowania rozgraniczeniowego należy dokonać pewnego rozróżnienia. Inaczej wygląda ta kwestia w przypadku rozgraniczenia zakończonego w trybie postępowania administracyjnego, inaczej zaś w trybie sądowym.
W postępowaniu administracyjnym rozkład kosztów postępowania był przedmiotem rozważania Naczelnego Sądu Administracyjnego który w Uchwale 7 sędziów z 11 grudnia 2006 r., o sygn. I OPS 5/06 stwierdził, że organ administracji publicznej, orzekając o kosztach postępowania rozgraniczeniowego na podstawie art. 262 § 1 pkt 2 kodeksu postępowania administracyjnego, może obciążyć kosztami rozgraniczenia nieruchomości strony będące właścicielami sąsiadujących nieruchomości, a nie tylko stronę, która żądała wszczęcia postępowania.
Co ważne zasady ponoszenia kosztów postępowania rozgraniczeniowego po połowie nie można stosować automatycznie, bez szczegółowej analizy stanu faktycznego sprawy. Organ musi zawsze brać pod uwagę, czy zachowanie strony (stron) uzasadnia obciążenie kosztami postępowania tylko jedną z nich, czy wszystkie, a w tym ostatnim przypadku – w jakim stosunku – tak Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 30 stycznia 2015 r., I OSK 2211/14, Wyrok z dnia 29 sierpnia 2019 r. o sygn. I OSK 2688/18.
Wobec powyższego każdy kto domaga się rozgraniczenia winien rozważnie
i stosownie do istniejących potrzeb wyznaczyć zakres swojego wniosku, aby nie narazić się na konieczność ponoszenia kosztów tego postępowania w całości lub z znacznej części. Wówczas nie będzie mógł liczyć na obciążenie tymi kosztami innych stron w takim samym zakresie jeśli wskażą oni stan wynikający z dokumentacji geodezyjnej i stan ten okaże się
w całości albo w części miarodajny i aktualny. W takim przypadku koszty rozgraniczenia będą rozdzielone równomiernie jedynie w odniesieniu do tej części granicy, której przebieg okazał się obiektywnie sporny lub niepewny, a więc co do której w wyniku postępowania rozgraniczeniowego nastąpiła korekta punktów i linii granicznych.
W przypadku natomiast rozliczenia kosztów postępowania rozgraniczeniowego zakończonego w trybie sądowym to ma ono oparcie w przepisach art.152 kodeksu cywilnego oraz art. 520 § 1 kodeksu postępowania cywilnego, zgodnie z którymi koszty rozgraniczenia ponoszą najczyściej właściciele sąsiadujących nieruchomości w równych częściach.