Jednym ze sposobów ograniczenia nawożenia azotowego jest stosowanie preparatów mikrobiologicznych umożliwiających wykorzystanie bezpłatnego azotu atmosferycznego.
Część roślin, np. bobowate dzięki symbiozie z bakteriami brodawkowymi wykorzystuje to źródło azotu. W technologii uprawy roślin bobowatych istotną rolę odgrywa szczepienie nasion odpowiednim szczepem bakterii mających zdolność wiązania wolnego azotu. Szczepienie to ma na celu zwiększenie wytwarzania brodawek przez rośliny bobowate.
Szczepionki bakteryjne zawierają bowiem żywe kultury bakterii brodawkowych, które tworzą układy symbiotyczne z tymi roślinami. Bakterie brodawkowe wykazują zdolność wiązania azotu atmosferycznego z powietrza, którego część przekazują następnie roślinie. W zamian otrzymują one od rośliny związki energetyczne, głównie cukry.
Innym gatunkom roślin musimy pomóc. Źródłem azotu dla roślin, mogącym zmniejszyć nawożenie azotowe jest azot związany z działalnością bakterii wolnożyjących. Mimo, że ilości azotu uzyskane w efekcie działania bakterii wolnożyjących są mniejsze niż w przypadku bakterii brodawkowych, mimo to mogą one stanowić źródło tego pierwiastka w uprawach wielu gatunków roślin.
Proces ten można zintensyfikować poprzez dodatek do gleby substancji wspomagających rozwój bakterii, lub też gotowych szczepionek bakteryjnych. Bakterie zawarte w tego typu preparatach wykazują zdolność wiązania azotu atmosferycznego niedostępnego dla organizmów roślinnych z wytworzeniem amoniaku, który wykorzystywany jest przez rośliny do budowy białek. Dzięki obecności w dostępnych na rynku preparatach mikrobiologicznych bakterii wolnożyjących preparaty te mogą być stosowane w uprawach wielu roślin rolniczych oraz na użytkach zielonych.
Preparaty mikrobiologiczne ograniczające w znacznym stopniu nawożenie azotowe szczególnie polecane są w uprawie zbóż ozimych i jarych, rzepaku ozimego, buraka cukrowego, kukurydzy czy ziemniaka.
Dostarczenie do gleby szczepów bakterii wolnożyjących wiążących azot cząsteczkowy poprawia bilans tego składnika w glebach oraz wpływa na lepsze zaopatrzenie roślin w azot, co jest szczególnie ważne w niesprzyjających warunkach glebowo-klimatycznych, takich jak susza czy niska temperatura. Ważną zaletą tego typu preparatów mikrobiologicznych jest zwiększenie efektywności biologicznej gleby nie tylko w roku zastosowania tego preparatu, ale również w kolejnych sezonach wegetacyjnych. Preparat ten podnosi plony roślin uprawnych nawet przy dawkach azotu na poziomie 1/3 dawki standardowej.
Na rynku dostępne są również preparaty mikrobiologiczne zawierające w swoim składzie wolnożyjące szczepy bakterii wykazujące zdolność do wiązania azotu atmosferycznego, które w odróżnieniu od innych bakterii wiążących wolny azot zasiedlają część nadziemną roślin.
Mechanizm wiązania przez nie azotu atmosferycznego jest analogiczny jak w przypadku bakterii brodawkowych żyjących w symbiozie z roślinami bobowatymi. Wiązanie azotu zachodzi przez blaszkę liściową. Zaletą tych preparatów mikrobiologicznych jest dostarczanie roślinom azotu w sposób efektywny i kontrolowany na wszystkich etapach ich wzrostu i rozwoju. Dzięki nim roślina może uzyskać co najmniej 30 kg dodatkowego azotu, który szybko wbudowywany jest w struktury białkowe, bądź też magazynowany w postaci glutaminy, stanowiącej aminokwas zapasowy u roślin. W przypadku upraw o dłuższym okresie wegetacji zysk może wynosić nawet od 50 do 100 kg dodatkowego azotu, którego nie uwzględnia się w bilansie nawożenia tym makroskładnikiem.
Przy zastosowaniu tego typu preparatów kolonizacja roślin przebiegała efektywnie wtedy, gdy rośliny występują w fazie intensywnego wzrostu oraz nie są narażone na działanie czynników stresowych. Preparaty te stosowane są nalistnie. Wnika one do rośliny przez otwarte aparaty szparkowe, a następnie przemieszczają się w pobliże komórek prowadzających proces fotosyntezy.
Inne dostępne na rynku preparaty mikrobiologiczne, poza wpływem na biologiczne wiązanie azotu atmosferycznego, skutecznie rozpuszczają nieaktywne związki fosforu i uruchamiają obecne w glebie nieprzyswajalne dla roślin formy potasu.