Krytycznym punktem w zapobieganiu powstawania i rozwoju mykotoksyn może być proces magazynowania oraz przechowywania produktów rolno-spożywczych. W tym przypadku istotne jest zapewnienie odpowiedniego środowiska do przechowywania, tj. temperatury i wilgotności przez częstą wentylację.
Niezwykle istotna jest profilaktyka, zmierzająca do wykluczenia bądź zminimalizowania możliwości powstawania mykotoksyn w ziarnach czy produktach żywnościowych i paszach, dzięki ograniczeniu występowania grzybów patogennych. Jednym ze sposobów na uniknięcie zatrucia mykotoksynami, jest zapobieganie rozwojowi grzybów patogenicznych już na roślinach podczas wegetacji polowej (stosowanie skutecznych zapraw nasiennych oraz fungicydów nalistnych połączonych z odpowiednią agrotechniką). Drugim sposobem jest szybkie wykrycie, a następnie eliminacja skażonych produktów (nasiona, ziarno, owoce itp.), tak aby do magazynów trafił tylko zdrowy materiał przechowalniczy.
Niestety punktem krytycznym może być, jak się okazuje, sam proces magazynowania i przechowywania produktów rolno-spożywczych. W tym przypadku istotne jest zapewnienie odpowiedniego środowiska (temperatury i wilgotności przez częstą wentylację) do przechowywania np. ziarna zbóż. Ziarno, które zawiera 14% wilgotności, można bezpiecznie przechowywać w temperaturze 5°C nawet do 3 lat. Pamiętajmy, że każdorazowy wzrost temperatury i wilgotności, sprzyja rozwojowi grzybów patogenicznych, które dzięki temu mogą wytwarzać szkodliwe mykotoksyny.
Ponadto występowanie mykotoksyn na produktach zbożowych można ograniczyć jeszcze w inny sposób, a mianowicie przez zastosowanie syntetycznych związków chemicznych, zwanych binderami mykotoksyn, które powodują dezaktywację niektórych toksyn. Alternatywną metodą może być również zastosowanie naturalnych mikroorganizmów czy enzymów, które przeprowadzają detoksykację mykotoksyn. Pamiętajmy jednak, że nie ma jednego uniwersalnego bindera, który wiązałby wszystkie mykotoksyny. Dlatego konieczne jest stosowanie różnych metod wzajemnie się uzupełniających.
Ze względu na niekorzystne oddziaływanie mykotoksyn na zdrowie człowieka, wprowadzone zostały akty prawne w postaci rozporządzenia. Aktualnym aktem prawnym obowiązującym w Polsce w zakresie zanieczyszczenia środków spożywczych, w tym zanieczyszczenia roślin uprawnych oraz ziarna zbóż jest rozporządzenie Komisji (WE) NR 1126/2007 z dnia 28 września 2007, zmieniające rozporządzenie (WE) nr 1881/2006, ustalające najwyższe dopuszczalne poziomy niektórych zanieczyszczeń mykotoksynami w środkach spożywczych.
